Správně udržovaná klimatizace není zdraví škodlivá. Problémy mohou nastat při zanedbané údržbě, kdy se ve filtrech a výměnících mohou hromadit bakterie a plísně. Moderní klimatizace jsou vybaveny antimikrobiálními filtry, některé i UV sterilizací nebo ionizátory, které naopak kvalitu vzduchu zlepšují. Důležité je také správné nastavení – příliš nízká teplota nebo přímý proud chladného vzduchu mohou způsobit nachlazení nebo zhoršení svalových potíží. Doporučujeme nastavit teplotu maximálně o 5-7°C nižší než je venkovní teplota a směrovat proud vzduchu tak, aby nefoukal přímo na osoby.